合作合同纠纷举证问题源于合同履行过程中双方对权利义务的争议。当合作方对合同条款理解不一致或某一方未按约定履行时，主张权利的一方需提供证据证明对方违约事实。我国《民事诉讼法》第六十四条规定"谁主张，谁举证"，要求当事人对自己提出的主张提供证据加以证明。
常见的举证材料包括：书面合同原件、往来沟通记录（邮件/聊天记录）、付款凭证、履约过程文件、第三方见证材料等。电子证据需注意保存原始载体，必要时可进行公证。当证据由对方掌握时，可申请法院责令对方提交，若对方无正当理由拒不提供，将承担举证不能的法律后果。
