传染病防治失职案的立案追诉程序主要依据《中华人民共和国刑法》和《中华人民共和国刑事诉讼法》相关规定进行，具体流程如下：
- 案件受理：由检察机关或公安机关接受举报、控告或自行发现线索。
- 初查阶段：核实是否存在失职行为及危害后果，判断是否达到立案标准（如导致传染病传播、流行等严重后果）。
- 立案决定：符合《刑法》第409条（传染病防治失职罪）规定的，由检察机关或公安机关制作《立案决定书》。
- 侦查取证：收集证明失职行为与危害结果间因果关系的证据，包括书证、证人证言等。
- 移送审查起诉：侦查终结后，认为需要追究刑事责任的，移送检察机关审查起诉。
- 提起公诉：检察机关审查后向法院提起公诉，法院依法审理判决。
注：若涉及国家工作人员，可能同时适用渎职罪相关规定。
